江梦瑶把这句话写进程序注释,又删掉。
注释太多,会影响代码结构。
她重新建立了观测状态和隐状态之间的映射关系,将传统的离散转移矩阵拆成多个局部拓扑单元。
每个单元只负责一段序列。
不同单元之间,通过分形边界进行连接。
这样一来,原本需要整体计算的庞大矩阵,被拆成了数万个可以独立运行的小矩阵。
维度灾难的根源,来自所有数据必须同时参与计算。
她要做的,就是让数据分开。
工作站屏幕上,代码一行行向下滚动。
江梦瑶左手托着下巴,右手敲击键盘,速度始终没有变化。
她在脑海里同步推算着矩阵变化。
传统维特比算法需要不断回溯所有路径,寻找概率最高的那一条。
这个过程会消耗大量算力。
江梦瑶直接砍掉了回溯步骤。
每一段序列只保留局部最优路径,再通过分形边界进行二次修正。
这样做的风险很高。
一旦边界函数出现误差,前面的判断就会全部偏移。
江梦瑶盯着屏幕上的公式,指尖在桌面上轻点两下。
风险可以接受。
她要的是新算法,不是给旧算法换一层外壳。
键盘声持续了整整三个小时。
她调出一组公开基因数据库,先用一千条样本进行测试。
程序刚运行十秒,窗口突然弹出一片红色警告。
内存占用超过百分之九十。
江梦瑶停下敲键盘,目光落在报错位置。
问题出在边界函数。
分形维数设定为一点七五时,局部矩阵会发生重复展开。
她把参数改成一点六二,又重新运行。
这一次,内存占用降到了百分之四十。
准确率却从百分之七十四跌到了百分之四十一,模型直接失去了意义。
江梦瑶皱起眉头,开始寻找问题到底出现在哪里。
她不断的移动光标足足花了小半个小时,这才发现问题所在。
她随手拿起笔,在A4纸上写下两组参数。
一个负责压缩,一个负责校正。
单独使用都不够稳定。
那就让它们交替工作。
她重新敲入一段控制代码,让分形维数根据样本长度动态变化。
序列越长,分形维数越低。
序列越短,分形维数越高。
局部数据不足时,增加路径保留数量。
数据足够时,直接关闭多余分支。
程序再次启动。
这回,红色警告消失了。
屏幕下方的进度条开始移动。
百分之十。
百分之三十。
百分之六十。
江梦瑶端起旁边的冷水喝了一口,继续盯着数据变化。
另一边,生科院教研室。
陈建国把手里的实验记录本合上,目光落在吴建华身上。
“她已经进去四天了。”
吴建华夹着烟,烟灰落在桌边。
“你敲过门没有?”
“敲了两次,里面没动静。”
陈建国抬手摸了摸额头,
“一个月写出三区论文,选题、建模、跑数据、整理结果,哪一步都要时间。
她现在连人都不出来,拿什么完成?”
吴建华把烟掐灭。
“老罗呢?”
“查资料去了。”
“他怎么还有心情查资料?”
陈建国把桌上的内网打印件推过去:
“我看他是准备找江梦瑶的漏洞。”
话音刚落,办公室门被推开。
罗成文抱着一摞外文论文走了进来,手里还拎着那只保温杯。
他的脸色不太好,走到桌边,直接把其中一篇论文摔在桌上。
“简直是胡闹!”
吴建华抬起眼皮。
“你又发什么疯?”
罗成文抽出一页数据,指着上面的曲线。
“隐马尔可夫模型,国际上最成熟的算法之一。
维特比路径经过十年优化,全球实验室都在用。”
“国内最高准确率是多少?”
“百分之六十八。”
罗成文把另一张纸压在上面。
“国际顶尖团队借超算跑了半年,公开结果也只到百分之七十。
她一个大一学生,拿一台普通工作站,准备在一个月内推翻底层算法?”
他的手指敲在桌面上,纸张跟着跳了一下。
“这叫研究?这叫拿前途赌气!”
陈建国拿起那份打印件,逐行扫过。
“她选的是基因序列剪切位点预测。”
“我看到了。”
罗成文抓起保温杯,杯底重重碰在桌上。
“生物信息学的坑,比你们实验室的废弃路线还多。
样本偏差、噪声干扰、过拟合,每一个都能让她的结果变成废纸。”
吴建华没接话。
他翻到打印件最后一页,那里列着江梦瑶下载过的文献名称。
全是隐马尔可夫模型。
陈建国合上纸张,声音沉了些。
“要不我们直接过去,把门敲开。”
“我去。”
吴建华站起来,抓起外套。
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