在南明弘光帝时期，农民起义军（李自成残部）与明朝廷军合作面临诸多困难。

信任缺失是首要难题。明廷与农民起义军长期处于敌对状态，双方积累了深厚的仇怨和猜疑，甚至还有弑君之大仇，难以在短期内建立起真正的信任，这使得合作的基础十分脆弱。

利益分歧导致二者也很难真正合作。双方有着不同的目标和利益诉求，明朝廷军首要目标是恢复明朝统治，而起义军也有自身的考虑和追求，这种利益上的不一致容易导致合作过程中的矛盾和冲突。

明朝廷代表的是传统的封建统治秩序，而农民起义军往往有着对旧有秩序的冲击和变革要求，理念上的差别也会影响合作的顺畅开展。朝廷内部存在不同的势力和利益集团，他们对与起义军合作多有存在抵触情绪，会从中作梗或制造阻碍。

再者乃是指挥协调困难。即使有合作的意愿，在实际合作中如何统一指挥、协调行动也是一个巨大的挑战，双方的军事体系、作战风格等方面的差异都可能导致合作难以有效实施。

（分割线）

南明弘光元年，南京城内，朝堂之上，文武百官齐聚，议论大明国事。朱由崧皇帝即位不久，国事艰难，北有清兵压境，内有李自成余孽未平。是日，朝会上，一大臣提出与农民起义军合作之策或欠妥，欲借此稳定局势之计对不住先帝！

这位大臣便是何腾蛟，南明忠臣，闻听陛下派钱谦益前去招安闯逆等流贼联手抗清，心知不可，遂步出班列，拜于金殿下，对朱由崧皇帝谏言道：“陛下，臣有一言，愿陛下且听之。”

朱由崧点头示意，何腾蛟便起身，声音铿锵：“陛下，朝廷与李自成残部，历来势不两立，双方血海深仇，如何能谈合作？即便勉强联手，也是貌合神离，难以成事。”

皇帝沉吟不语，何腾蛟继续道：“且不说信任之缺失，单说利益之争，已是难以调和。朝廷欲恢复大明江山，而李自成余孽又有其他图谋，如此南辕北辙，合作岂能长久？”

朱由崧眉头微蹙，何腾蛟再拜：“陛下，朝廷乃正统所在，维护天地秩序，而起义军多有冲击秩序之心。此等理念之差，如同水火，难以相容。况且朝中诸位大臣，对此合作亦多有保留，内不稳，则何以对外？”

朱由崧闻言，心知何腾蛟所言非虚，但国事艰难，又无他法，不禁叹息：“朕知卿忠心耿耿，然而国事艰难，若无良策，如何是好？”

何腾蛟正色道：“陛下，与其与不信之人合作，不如自强不息，整顿内务，安抚民心。同时，选拔良将，训练精兵，以备不时之需。唯有自强，方能御敌于国门之外。”

朱由崧听罢，沉思良久，终觉何腾蛟之言值得深思，遂下旨令群臣退朝，独留何腾蛟，细细商议。自此，南明虽然内忧外患，但在何腾蛟等人辅佐之下，仍努力维持着风雨飘摇的江山。